PERL is ontworpen om gemakkelijk secure setuid en setgid scripts te schrijven. Naast het feit dat het geven van speciale priveleges gekoppeld aan flexibele systemen voor extra problemen kan zorgen, zijn de setuid scripts in principe al onveilig. Dit omdat het mogelijk is dat tussen de tijd dat de kernel de file opent en het moment dat het geheel geinterpreteerd wordt de scripts veranderd kunnen zijn.
Gelukkig zijn er een aantal manieren om dit te voorkomen, zoals de optie die ervoor zorgt dat de kernel nooit in zo'n situatie kan komen. Als deze voorzorgsmaatregel niet genomen wordt, kan het gebeuren dat PERL de melding geeft dat je setuid script onveilig is. Een mogelijk is dan om een in C geschreven programma er omheen te zetten. Meer uitleg en informatie over dit onderwerp, inclusief een aantal oplossingen, kun je vinden in het artikel genaamd PERLSEC. Daarnaast is er een uitgebreide handleiding beschikbaar omtrent security verbeteringen bij UNIX systemen in het algemeen, met daarin tevens informatie over deze scripts in het bijzonder.